התכנון הסביבתי באיגוד מתייחס להיבטי התכנון הסביבתי שבמרחביו.
האיגוד מייעץ בנושא התכנון ברמה המחוזית והמקומית.
ברמה המחוזית: מול מחוזות ירושלים והמרכז של המשרד להגנת הסביבה ומול קמ"ט איכות הסביבה במנהל האזרחי שבאיו"ש.
ברמה המקומית: מול מחלקות ההנדסה של הרשויות המקומיות. האיגוד מעיר הערות באשר לתוכניות מקומיות, להיתרי בנייה ונותן הנחיות למתכננים בנושאים סביבתיים.
מתכנן האיגוד ו/או מנכ"ל האיגוד יושבים כמשקיפים קבועים במועצת התכנון העליונה ובועדות המשנה – ועדת משנה לאיכות הסביבה, ועדת משנה לכרייה ולחציבה, ועדת משנה לדרכים וועדת המשנה להתיישבות.
תפקיד האיגוד לייצג את האינטרסים הסביבתיים בכל תחום יהודה ושומרון ולבחון את התוכניות המוצגות והתקנונים שלהן.
נציג האיגוד רשאי להגיש לועדה המלצות מקצועיות ולדרוש תסקירי השפעה על הסביבה.
האיגוד נותן הנחיות להכנת תסקירי השפעה על הסביבה בעבור תוכניות שהוגשו לועדות התכנון המקומיות ומסייע לקמ"ט איכות הסביבה לגבש הנחיות באשר לתוכניות שהוגשו למועצת התכנון העליונה.
מתכנן האיגוד מעיר על מסקנות התסקיר. לאחר שהתסקיר נהיה לחלק מהתוכנית, מוטעמות ההנחיות העוסקות בסביבה.
האיגוד נותן הנחיות סביבתיות לתוכניות אב, לתוכניות מתאר ולתוכניות מפורטות. במסגרת זו נבדקים ההיבטים הסביבתיים שבבקשות להיתר בנייה של התוכניות המיוחדות, כמו בתי חולים, מפעלים, מבני ציבור ומוסדות חינוך. ההנחיות מצורפות כתנאים להיתר הבנייה ולרישיון העסק. האיגוד מאשר את התוכניות והאמצעים כדי למנוע שפיעה של גז ראדון בבתי מגורים ובמבנים ציבוריים. אישור זה הוא תנאי לקבלת היתר בנייה והיתר איכלוס (טופס 4).